Pakiranje je osrednji del biofilm reaktorja, ki vpliva na učinek obdelave in nadzor delovanja tehnologije, zato je zelo pomembno izbrati ustrezno pakiranje za biofilm reaktor. Oblike polnila, ki se običajno uporabljajo v preteklosti, vključujejo zemeljsko, svežnje, valovito, krožno radialno, ščitno, neto, valjasto, navadno zrnato in nepravilno zrnato itd. Podatki o učinku so v bistvu izbrani, razen za zrnate polnile. FRP, PVC, polipropilen, vinilon itd. Zaradi proizvodnih in gospodarskih dejavnikov.
Trenutno so polnila, ki jih je treba izbrati, plastična ali steklena vlakna ojačana plastična polnila iz zosov, tridimenzionalna vahalna polnila, mehka polnila iz vlaken, polmehka polnila, plastična ali steklena vlakna ojačana plastična polnila iz medu. Površina je gladka, hitrost adhezije biofilma je revna, in je enostavna za staranje. In to je običajno preprosta v dejanski uporabi. Prišlo je do blokade polnila. Stanje pretoka vode v mehkem polnilu ni ambicija, zato ga je enostavno zgostiti z mikrobnim filmom, kar ima za posledico pojav žoge, ki zelo zmanjša njegovo uporabno prostornino površine, nato pa se znotraj žoge pojavi anaerobni prizor, ki vpliva na učinek zdravljenja.
Oblika polnila ali ceramsitnega filtrskega materiala iz mikrobnih imobilizacijskih materialov neposredno določa velikost njegove površine. V normalnih okoliščinah, večja prostornina prostora enega polnila biofilma in filtrirnega materiala, manjša je njegova specifična površina. Relativna gostota vpliva na stroške gradnje in porabo energije strukture obdelave. Če je relativna gostota večja, je za izboljšanje potrebna večja moč. Hkrati pretirana hidravlična maža vpliva na imobilizacijo mikroorganizmov. Poroznost in hrapavost polnila biofilma neposredno vplivata na nastanek, razvoj in stabilnost biofilma. Dodajanje uporabnega območja polnila in mikrobov lahko zaščiti fiksne mikrobe pred učinkom hidravlične maže, upočasni izgubo mikrobov, ki jih povzroča trk med polnili, in do neke mere olajša izboljšanje moči prenosa mase.